Proces zarządzania klastrem można rozumieć dwojako. Ponieważ klaster tworzą różnego rodzaju autonomiczne podmioty a główny jego rdzeń stanowią przedsiębiorstwa, w naturalny sposób klastrem zarządza organ przedstawicielski tych podmiotów (w tym przedsiębiorstw), czyli zgromadzenie przedstawicieli i rada klastra.
W składzie osobowym zgromadzenia przedstawicieli i rady klastra są głównie członkowie zarządów poszczególnych przedsiębiorstw i innych podmiotów klastra, dysponujący w sposób ograniczony czasem niezbędnym dla zarządzania rozwijającą się i dojrzałą strukturą klastrową. W wielu krajach UE w tym celu wynajmuje się firmę wyspecjalizowaną w zarządzaniu klastrami. W Polsce działań takich praktycznie się nie spotyka. Proces tworzenia i rozwoju klastrów z reguły realizowany jest przy minimalnym nakładzie kosztów. Z tego powodu sprawy organizacyjno-zarządcze powierza się jednemu z podmiotów klastra, lub też dla tych celów powołuje się nowy podmiot prawny (np. stowarzyszenie). Stosunkowo proste procedury powołania stowarzyszenia oraz niski poziom kosztów związanych z jego organizacją z jednej strony oraz zalety tej formy organizacyjnej z drugiej strony, stanowią o bardzo dużej popularności podejmowania tego typu działań.
Stowarzyszenie może być podmiotem prawnym zarządzającym klastrem, przy czym zarządzanie klastrem w głównej mierze dotyczy wypełniania zadań organizacyjnych związanych z funkcjonowaniem klastra (np. organizowania spotkań) i koordynowania jego działalności oraz realizowania zadań wskazanych przez radę klastra. Podmiot zarządzający klastrem może także z upoważnienia rady klastra inicjować i podejmować inne działania stanowiące obszar aktywności gospodarczej klastra.
W Polsce na różnych etapach rozwoju i działalności klastrów, można spotkać kilka form organizacyjno-prawnych podmiotów zarządzających klastrem:
- stowarzyszenie
- konsorcjum,
- fundacja,
- spółka z ograniczoną odpowiedzialnością,
ponadto bardzo rzadko inne formy, w tym: izba rzemieślnicza, lokalna grupa działania.